Hãng hàng không này được thành lập tháng 10 năm 1992 và bắt đầu hoạt động từ ngày 13 tháng 9 năm 1993. Hãng này được thành lập bởi CAAC và chính quyền Thẩm Quyến với sự tham gia tài chính của hãng Air China, Overseas Chinese City Economic Development Corporation, Bank of China vàShenzhen South Tongfa Industrial Corporation. Đây là một trong những hãng hàng không có lợi nhuận nhất Trung Quốc. Hiện tại cơ cấu cổ phần của hãng này như sau: Ngân hàng Phát triển Quảng Đông (65%), CNAC (Air China) (25%) và Shenzhen Investment Management (10%).

Năm 2004, hãng đã cùng các đối tác Lufthansa Cargo và DEG, thành lập hãng hàng không vận tải hàng hóa Jade Cargo International, hãng mới này đi vào hoạt động tháng 9 năm 2005. Shenzhen Airlines sở hữu 51% cổ phần trong hãng mới này.

Ngày 10 tháng 6 năm 2005, hãng Boeing đã bàn giao chiếc Boeing 737-900 cho Shenzhen Airlines tại Seattle. Đây là chiếc đầu tiên trong 5 chiếc giao năm 2005. Shenzhen Airlines là hãng hàng không Trung Quốc đầu tiên đặt mua 737-900 và đây là chuyến giao hàng trực tiếp đầu tiên của hãng Shenzhen từ Boeing.